Dopo la seconda tragica guerra, la U.S. Gubbio, questa la denominazione, riparte con la voglia e l'entusiasmo di ricominciare a vivere dopo i dolorosi fatti bellici.

Nel 1945, l'Umbria si divide in tre gironi, con le maggiori città che partecipano, in attesa della ripresa dei regolari campionati.

Nel 1946, ancora una volta si riparte dalla serie C, Girone B Lega Centro.

L'anno successivo, la tenacia eugubina porta a frutto il risultato più prestigioso della storia del Gubbio Calcio, sostenuti da un assetto societario impeccabile e dal cuore grande dei tifosi, nel 1947, grazie allo "storico" spareggio di Pesaro contro il Baracca Lugo,vinto 2 a 0, e dopo aver conquistato il primo posto in un girone per gli spareggi, il Gubbio è promosso in serie B, campionato vinto dal Palermo, davanti a Pisa, Lecce e Taranto, il Gubbio conclude in modo dignitoso il campionato a ridosso di Rieti e Perugia, ma non riesce ad evitare la retrocessione. La serie cadetta dura solo un anno, anche per via della riorganizzazione che prevedeva molte retrocessioni, così il Gubbio torna in Serie C, è il 1948.

Anche nel seguente anno, il 1949, il Gubbio retrocede e torna così nel Campionato Umbro di prima divisione, così nel 1950 e fino al 1953, anni in cui disputa campionati anonimi di metà classifica.

Il 1953 è l'anno in cui si forma il Campionato di Promozione Regionale: Ternana, Foligno le maggiori rivali per raggiungere la IV Serie e il Gubbio termina a ridosso di queste, vincerà il Foligno, davanti a Ternana e Gubbio..

Nel 1954 saranno le “fere” a vincere il Campionato di Promozione Regionale, il Gubbio finisce peggio che nella precedente edizione, ma senza retrocedere.

Nel 1955 sono diverse le difficoltà nella riorganizzazione societaria, ma evitato il peggio si riparte con nuovo slancio, il campionato è migliore del precedente con il piazzamento a ridosso delle prime, vince l'Umbertide, davanti all'Orvietana.

Nel 1956 il Gubbio termina prima a pari punti con il Bastia, è necessario uno spareggio per la promozione in IV Serie: purtroppo il Bastia sconfigge il Gubbio 1 a 0 e i sogni di gloria sono rimandati.

Nel 1957, ancora nel Campionato di Promozione Regionale, il Gubbio dopo essere stato al comando per quasi tutto il torneo, nella fase finale cede il passo alla Virtus Spoleto che sale in IV Serie.

Finalmente nel 1958 il Gubbio torna ad assaporare il successo, impossibile da paragonare alla serie B, ma ugualmente festeggiato perchè atteso da qualche anno, vince il Campionato di Promozione Regionale, ed è promosso in IV Serie.

Nel 1959 il Gubbio conclude a metà classifica un discreto campionato, vinto dalla Torres, si può a grandi linee considerare il campionato di IV serie di allora, paragonabile alla attuale Seconda Divisione Lega Pro.