Gli anni 80 iniziano con un bel regalo per la formazione eugubina, nonostante il terzo posto raggiun to nel campionato di Promozione Regionale del 1981, vinto dall'Elettrocarbonium davanti al Nocera Umbra, il Gubbio viene ripescato in Interregionale.

È il 1982 e il campionato di Interregionale, il Gubbio mantiene una posizione tranquilla in un campionato vinto dall'Elpidiense.

Così anche per il campionato di Interregionale del 1983 il Gubbio continua la tranquilla permanenza tra i semi-professionisti, il campionato è vinto dal Cesenatico.

Nel 1984 il Gubbio finisce il campionato di Interregionale ancora meglio del precedente, questa volta è la Fermana a salire in C2.

Il campionato di Interregionale del 1985, segna la rivoluzione che da li a poco porterà di nuovo i rossoblu tra i professionisti, la stagione finisce con un ottimo terzo posto, dietro Pro Cisterna e Latina.

Il 1986 è ancora volta un anno amaro per l'ennesimo spareggio fallito dai rossoblu, questa volta è la Vis Pesaro a salire di categoria in uno spareggio a tre, anche il Riccione infatti ha chiuso il campionato a pari punti. Questa volta è il sorteggio a decidere la vincente, infatti il Gubbio arriva dietro alla formazione marchigiana, solo perchè questa ha la fortuna di giocare il terzo incontro contro il demotivato Riccione e vince con ampio margine, ma l'appuntamento è appena rimandato.

E' il 17 maggio 1987, quando il Gubbio, finalmente, vince al "Renato Curi" di Perugia, davanti a quasi 20.000 persone, lo spareggio contro il Poggibonsi, grazie ad un gol eugubino di Rosario Zoppis, è il ritorno tra i professionisti in C2.

Il 1988, con l'arrivo in C2, finalmente il Gubbio ritrova i derbi con Ternana e Perugia, quest'ultima salirà in C1 insieme al Casarano, il Gubbio dopo uno strepitoso girone di ritorno terminerà al terzo posto (e ancora una volta viene in mente se ci fossero stati allora i play-off, chissà...).

L'anno seguente il 1989 è il secondo campionato dal buon piazzamento, il Gubbio termina al quarto posto, Ternana e Fidelis Andria salgono in C1.

Il 1990 è un altro anno di Serie C 2 ad altissimo livello, nel girone di andata addirittura il Gubbio gira al comando, il piazzamento finale fu ancora una volta ottimo e solo Fano, Baracca Lugo, promosse in C1, Chieti e Trani, finirono davanti agli eugubini.

Nella stessa estate, mentre si preparava ad affrontare il mercato estivo,, a seguito di un malore, improvvisamente scompare il Direttore Sportivo Mario Mancini. L'inevitabile contraccolpo si farà sentire nelle stagioni successive.