Appare ben evidente che in periodi storici così lontani e poveri dal punto di vista finanziario, la risorsa più generosa a cui attingere per ottenere risultati sportivi, non può che essere la realtà locale, cioè i giovani eugubini, con il loro carico di entusiasmo e le spiccate capacità tecniche riescono a mantenere alto l'onore dello sport cittadino.

Così all'inizio degli anni '60 si entra in un periodo di particolare vitalità sportiva. Crescono vivai cittadini, con l'aiuto di personaggi che vedono lo sport come elemento di aggregazione e integrazione importante. Nasce proprio da questo periodo di gestazione la base di un nutrito gruppo di giocatori eugubini che porta ad ottenere successi e lustro in ambito regionale e nazionale.

Campionato 1960, c'è la riforma dei campionati di serie C, il Gubbio disputa il Campionato di Serie D, Girone F, la vecchia IV serie, nella quale non ritrova il Perugia, che nel frattempo è ripescato per la serie C. Il Bisceglie vince il campionato, il Gubbio si salva a pari punti con la Ternana e il Vasto.

Nel 1961 arriva ancora una retrocessione a causa di uno spareggio perso contro il Città di Castello.

Il tentativo di risalita nel 1962, fallisce, il Gubbio è solo secondo a pari punti con il Foligno dietro la NArnese.

Il 1963 è l'anno della fusione con l'Intrepida di San Secondo, squadra giovanile che cresceva molti giovani eugubini, alla guida della prima squadra passa Mario Mancini, il Gubbio finisce terzo, a salire di categoria è il Foligno.

Il 1964 la squadra rinnovata e piena di giovani provenienti dal vivaio conclude al secondo posto dietro la Narnese.

Nel 1965, è ancora una storica promozione, infatti il Gubbio conclude imbattuto il campionato di Promozione Regionale. E' un record straordinario sottolineato dai 72 gol fatti e dai 14 subiti. In panchina c'è Mario Mancini eugubino guida di molti giovani che sono al debutto.

Il 1966 segna però l'immediato ritorno in Promozione, con la Vis Pesaro che sale tra i professionisti.

Il 1967 è caratterizzato ancora dall'ennesimo spareggio, questa volta per la promozione in IV serie. Il Gubbio perde alla monetina contro l'Orvietana, (quella “moneta” che deciderà anche gli europei nell'anno seguente a favore dell'Italia), la gara venne disputata al Santa Giuliana di Perugia.

Il 1968 segna un rocambolesco finale che impedisce ai lupi eugubini di riconquistare ancora una volta, la IV serie: sul campo il Gubbio conquista il primo posto a pari punti con l'Angelana, ma a causa di un ricorso della squadra assisana per una partita contro lo Spello, viene assegnato un punto in più alla formazione della città di San Francesco e lo spareggio, questa volta vittorioso, purtroppo non valse più ad assegnare la vittoria. La stagione dei fiori vede nel Gubbio una delle formazioni più amate di tutta la sua storia e la motivazione è facilmente riconducibile al numeroso gruppo di eugubini purosangue che onora la maglia.

Il 1969 è infatti l'anno buono per l'ennesima risalita in Serie D (IV Serie), il Gubbio trionfa nonostante abbia dovuto giocare lontano dal San Benedetto, per la squalifica del campo amico, dovuta alle vicende legate all'invasione di campo dei tifosi eugubini ad Assisi l'anno precente.

Il 1970 è un gran bel campionato, allora non esistevano i play off, altrimenti i rossoblu avrebbero lottato per raggiungere tra i professionisti il Montevarchi, vincitore del campionato, con Carrarese, Grosseto e Foligno.